受地理环境的影响，很多偏远农村饮水安全工程标准低、分而散、规模小，导致集中供水率与保证率偏低。农村饮用水的水质污染主要来自于生物性污染，而该区域农村饮水工程很多未配套水处理和水质消毒实施设备；有些即使配备了消毒设备，但由于缺乏管护主体、运行管理机制不健全、群众思想意识不高等原因，导致配备的消毒设备配而不用或未按规范使用。

农村供水工程水源影响范围内有不同程度的垃圾堆、污水沟、水田、畜圈、粪坑、大量种植速生桉、养鱼等污染，这些畜禽养殖污染以及农村生活污水直排、农业面源污染等行为极大程度上造成了该地区农村水体污染，也是农村饮用水水源污染的重要原因。另外，污水处理设施的缺乏，也是农村饮用水污染严重的问题之一。

随着农饮水安全工程项目实施的难度加大，加上这几年物价、人工费的快速增长，农村饮用水安全造价越来越高。特别是山区村屯，未能实现供水入户，导致工程没有发挥应有的效益。

一方面，随着水利建设投入的不断加大，基层从事饮水安全工作的人员与技术力量严重不足，无法适应高强度投入、大规模建设的管理需要，对工程建设及运行管理存在较大影响。另一方面，大部分工程或多或少的出现管护主体、产权不明晰，管理措施不到位、运行机制不健全等问题，工程运行管理环节薄弱，出现只建不管的现象。